從東晉開始，佛教的發展呈現出南北的地域性。陷入十六國混戰局面的北方，佛教在一些少數民族建立的國家中，受到最高統治者的信奉和支持，發展十分迅速。特別是在羯族建立的後趙、氐族的前秦、羌族的後秦、匈奴族的北涼等一些有影響力的大國，統治集團根據不同的情況和需要，分別採取支持高僧傳教、允許靈異輔政、資助譯經、鼓勵義學研究、建築寺院、修造佛像等方法，促進了佛教在各民族中的普及和流行。他們不僅鼓勵漢族信奉佛教，而且也不限制少數民族接受佛教。
在北方十六國中，影響最大的僧侶是佛圖澄、道安和鳩摩羅什。
佛圖澄（公元231—348年）是西域人，主要運用神奇的方術和佛教善惡報應、慈悲、戒殺等教義從事傳教。關於佛圖澄的神異故事很多。例如，傳說他用麻油混合胭脂塗抹在手掌上，
就能從手掌上清楚看到千里之外發生的事情，而且就如同面對面觀看一樣。他能夠通過念誦咒語來驅使鬼神。更能吸引人的是，他善於治病，甚至能把死去兩天的人醫活。憑藉這些神異，他獲得後趙統治者石勒、石虎的信任，經常參與軍政機要。
由於佛圖澄知名於朝野，所以各地慕名求學的人很多。在他身邊，經常聚集着數百名弟子，前後門徒累計達萬人之多。他的著名弟子有數十位，如道安、竺法雅、竺法和、竺法汰、竺法朗等，推動了佛教向南北各地的傳播和流行。
由於有後趙朝廷和各州郡的資助，佛圖澄的弘教傳法活動很成功。短短幾十年間，佛圖澄和他的弟子們建立佛寺達893所。這是佛教傳入中國以來的佛寺最高數字。
在傳教過程中，佛圖澄大力倡導佛教善惡報應、慈悲、戒殺等教義，並且以此規勸嗜殺成性的後趙統治者。當石虎問什麼是“佛法”時，他回答“佛法不殺。”他曾對石虎說，作為一位帝王信奉佛教，主要體現在不做暴虐的事，不殺害無辜方面。儘管帝王不能做到絕對不殺生，但是如果殺害沒有罪過的人，就是把全部財產都拿出來供養佛法，也是免不了遭受禍殃的。他還告誡石虎，只有多慈悲，少貪欲，才能福祚長遠。佛圖澄以己的特殊身份和後趙統治者的信任，把傳播佛教與促進社會穩定，發展生產，協調少數民族與漢族的關係緊密結合起來。這在中國佛教史上是很有影響的。
道安（公元312—395年）俗姓衛，常山（今河北正定）扶柳 人，十二歲出家，後到趙郡鄴（今河北臨漳西南）師從佛圖澄，學習大小乘經典和戒律。石虎死後，後趙發生內亂，道安到今天的山西、河北一帶山區避難。由於北方社會動蕩，又遭天災，促使他帶領數百名弟子南下東晉管轄的襄陽。在河南新野時，他曾對弟子們說，在僧團不能解決衣食等生活問題的情況下，不依靠統治者的支持，佛教事業就難以進行下去，即“不依國主，則法事難立”。在中國佛教史上，這句話是流傳很廣的。東晉太元三年（378），前秦王苻堅攻佔襄陽，道安被迎請長安。
道安重視佛教典籍翻譯事業。在長安期間，他利用前秦的支持，組織來自印度和西域的僧人翻譯佛經，使原來由民間分散進行的佛經翻譯活動，帶有了國家文化事業的色彩。在他主持下，譯出佛經14部，183卷。
道安重視佛教典籍和文獻的整理，編著了《綜理眾經目錄》。這是我國第一部佛經目錄，為我國佛教目錄學奠定了基礎。
道安重視佛教制度建設。他根據《增一阿含經》上講的，不管哪個種姓出身的人，一旦成為沙門，都稱“釋種子”的經文，倡導出家人不用俗姓，而以“釋”為姓。這成為後世的定制。 他參考戒律為僧團制定《僧尼規範》，對寺院修行生活的許多方面做出規定。這對後世僧團制度的建立有啟示作用。
鳩摩羅什（公元344—423年）祖籍印度，生於龜茲（今新疆庫車），自幼出家，曾隨母遊歷西域諸國。先學小乘，後學大乘，尤精大乘中觀學說。後秦弘始三年（公元401年），姚興出兵攻滅後涼，迎請當時在後涼的羅什到長安。從此開始，羅什在後秦政府的支持下，專門從事譯經。他共譯出大小乘佛經35部，294卷。著名的有《摩呵般若經》、《維摩詰經》、《大智度論》、《中論》、《百論》、《十二門論》等。他翻譯的經典表述清楚，語言流暢，很快流傳開來。他翻譯出的許多經典，成為以後學派和宗派創立時的所宗典籍。他在譯經過程中培養了大批學問僧，據說弟子達五百多人，聽法者在兩千人以上，其中知名者很多，對南北朝佛教學派的興起有直接作用。在他的影響下，後秦首先創立了僧尼管理機構，設置僧正、悅眾、僧錄等僧官。
六家七宗
東晉南方著名的佛教中心是廬山東林寺，由慧遠主持。廬山慧遠（公元334—416年）俗姓賈，雁門樓煩（今山西寧武）人，早年學習儒家經典，尤其喜歡《老子》和《莊子》。因為在太行恒山聽道安講《般若經》而與其弟慧持出家。曾隨道安住襄陽，後遵從道安所命到廬山，建東林寺弘法傳教。慧遠雖長居山林，但與北方佛教界和東晉士大夫都保持着廣泛聯繫。他的著作現存有三十八篇，其中關於因果報應、佛教禮制、佛教與王權的關係、淨土信仰等方面的論述，都對後世有深遠影響。
東晉時期，朝野曾展開出家僧人應該不應該禮敬帝王的論戰，延續時間比較長。慧遠認為，佛教的在家信徒，應該和普通民眾一樣，孝事父母，效忠帝王。這是體現佛教有助於“王化” 和“治道”的方面。然而，出家的僧尼，則應該嚴格按照佛教的教義修行，在禮儀上應與世俗社會有所區別。慧遠倡導西方淨土信仰，曾經與僧俗一百餘人在阿彌陀佛像前共同立誓，發願死後往生西方極樂世界。所以，後世把他推為淨土宗的遠祖。
般若學在東晉佛學界進一步發展。由於學僧對《般若經》的思想有不同的理解，出現了所謂“六家七宗”（“家”和“宗”是 “學說”的意思，不是“學派”或“宗派”的意思），即有關般若學的七種學說。學僧為了迎合思想界玄學盛行的形勢，借助玄學本體論的思辨方式和概念，來理解和論證般若學的思想。可以說，“六家七宗”是玄學與般若學相結合的產物。
六家七宗的代表人物及名稱分別是：道安的本無宗；竺法菠、 竺法汰的本無異宗；支道林的即色宗；于法開的識含宗；道壹的幻化宗；支湣度等人的心無宗；于道邃的緣會宗。上述七宗
中，本無和本無異可作一家，所以稱六家。其中影響較大的是本無、即色、心無三家。
本無宗認為，世間的一切事物和現象有個本源，稱為本體，本體是空寂的，所以稱此本體為“本無”，與“空”、“性空”、或 “無”，屬於同類概念，相當於《般若經》中講的“法身”、“真如”。本無宗認為，“無在萬化之先，空為眾形之始”，與道家宇宙生成論的思路是相似的。所以，本無宗特別強調“本無”的 “能生萬物”的方面，具有把“無”絕對化的傾向。這與王弼、何晏為代表的玄學貴無派“以無為本”的本體論主張是相應的。
即色宗認為，世界上的萬事萬物（“色”）都是由因緣和合而產生的，所以沒有自性，這就是“空”。也就是說，色本身就是空。這與郭象為代表的玄學自生獨化論有相似之處。
心無宗認為，所謂“諸法皆空”，並不是指外在事物是空，而是講心不執着於外在事物。這實際上是從精神修養方面理解般若 “性空”理論，注重排除世俗世界的干擾。這與玄學中的崇有論思想有相似之處。
由於當時般若學的諸多論書還沒有傳譯，佛學界對大乘中觀派的思維模式和論證方法還不了解，所以受玄學的影響較重，不免見解不同。後秦鳩摩羅什譯出《中論》、《十二門論》
等之後，其弟子僧肇著《肇論》，主要依據中觀派的理論對般若學進行總結。《肇論》中有一篇《不真空論》，是用“不真空”來解說般若性空思想。僧肇認為，事物本身只是因緣和合產生的，沒有真實的自性，這就是“不真”，也就是“空”。所謂“有” 就是“假有”、“不真”；所謂“無”是沒有“自性”，是“空”。 綜上所說，“空”並不是空無所有，而“有”並非有自性。從這個思路出發，僧肇對本無宗、即色宗和心無宗三家進行了評論。他認為，三家在理論上或偏於“無”，或偏於“有”，而對於“無”和“有”的正確看法，應該是“不真空”，即把“性空”和“假有”結合起來考察，統一起來認識。
法顯與西行求法
晉宋之際，出現了或為求法取經、或為觀瞻聖迹而西行印度的高潮。在數以百計的西行者中，事迹最感人、影響最深遠的是法顯。
法顯在長安看到律藏不完備，立志到印度尋找更完備的戒律典籍。弘始元年（公元399年），他從長安出發，經過中亞進入北印度。他遊歷了將近三十個國家，首尾經歷了十五年，從師子 國今斯里蘭卡）搭乘商船經南洋群島返回，於義熙八年（公元412年）在山東牢山登陸。法顯遊歷了中亞、南亞和東南亞 的許多地方，範圍之廣，是前無古人的。
法顯的求法之路，可以說是九死一生。去印度先經歷了陸路的凶險。“西渡流沙（從敦煌西至鄯善之間的沙漠地帶）”時，“上無飛鳥，下無走獸；四顧茫茫，莫測所之。唯視日以准東西，望人骨以標行路”。海路的遭遇更是驚心動魄：或受“黑暴雨”的襲擊；或因為“糧食、水漿將盡，取海咸水作食”。除了忍耐肉體折磨，還要遭受精神蹂躪。當一夜暴風雨過後，船上的諸位婆羅門竟然認為，船上有位沙門（指法顯），不吉利，所以才遭遇風暴。他們商議要把法顯棄置在海中的荒島上。最後經過原來的施主捨命保護，法顯才免遭厄運。
與法顯結伴從長安出發西行的有四人，在張掖等地相遇結伴同行的有六人，加上法顯共計十一人。其中六人先後中途折返，一人隨胡僧到罽賓（今克什米爾），二人病死中途，一人留住中
天竺不歸，完成求法壯舉的只有法顯一人。
法顯返國後，共參與翻譯了《摩呵僧祗律》、《大般泥洹經》、《雜藏經》、《雜阿毗曇心》、《僧祗比丘戒本》、《方等泥洹經》等六部典籍。他撰寫的《佛國記》，首次實錄了自陸路遊歷印度，由斯里蘭卡經南洋群島航歸的偉大旅程。此書至今仍是研究當時中亞、南亞和東南亞歷史、文化和宗教的最重要著作。後世眾多的西行求法者，包括玄奘、義淨等人，都把法顯作為榜樣。
