清王朝（公元1644—1911年）宗教政策的指導思想，是把維護專制皇權放在第一位，徹底清除任何宗教派別中有違於皇權至上的因素。這個政策的突出特點，是把儒釋道“三教”與其它一切有秘密結社性質的民間教派嚴格區分開來，自覺把前者作為加強統治的思想工具，扶植多於限制；明確把後者作為顛覆政權的力量，武力鎮壓多於思想誘導。
在管理佛教事務方面，清王朝多繼承明代的制度。同時也相繼推出一些重要改革措施，對佛教的演變產生了重要影響。
第一，廢除試經度僧制度。清代以前的申請出家者，要通過官方組織的經典考試，合格者才能得到度牒，成為合法出家人。從清初開始，廢除試經度僧制度。這對清代佛教義學的發展，對教門諸派的衰落，起到了推波助瀾的作用。
第二，廢止度牒。滿清貴族入關之前到清初，頒發度牒有一個從交費到免費的變化過程。由於當時度牒具有免稅免役作用，所以比較受重視。然而在具體管理上，總是時鬆時緊。乾隆三十九年（公元1774年），清政府鑒於私度僧尼泛濫，查驗補發工作又難於有效進行，於是宣布完全廢除度牒制度。表面上看，廢止度牒是高宗迫不得已之舉，實際上與雍正時採取的
“攤丁入畝”賦稅改革有關。由於將人丁稅與田畝稅合一，依據佔有土地的面積統一徵收賦稅，具有免役作用的度牒隨之失去經濟價值。廢除度牒，不可避免地為管理僧團帶來困難。
清代寺院分為國家建造和民間建造兩種，並把它們都納入政府的統一規劃和管理之下。康熙六年（公元1667年）禮部統計，各省屬於國家的大寺院6,073處，小寺院6,409處；民間私家建造的大寺院8,458處，小寺院58,682處。清朝官方對統計僧道人數並不重視。康熙六年（公元1667年）禮部統計，有僧尼118,807人，但實際人數遠多於此。到清末時，全國僧尼約有 八十萬。
在清代諸帝中，清世宗對佛教，特別是禪宗，進行了聲勢浩大的清算和整頓，具體內容集中反映在他編著的《禦制揀魔辨異錄》和《禦選語錄》中。除去枝節問題之外，世宗主要強調了三點。其一，倡導禪與教的統一。禁止禪宗排斥教門諸派，突出強調學習和弘揚傳統佛教經典的重要性。其二，主張禪、淨、律兼修，三者不可偏廢。通過鼓勵淨土信仰，鼓勵僧人遵守戒律，限制禪宗的任性放縱。其三，禁止禪僧呵佛罵祖的言行。他認為，禪宗祖師燒佛像，與“子孫焚燒祖先牌，臣工毀棄帝王位”是一樣的，出家人對佛祖的“信口譏呵，譬如家之逆子，國之逆臣，豈有不人天共嫉，天地不容者。”世宗直接干預禪宗內部事務的目的，就是要消除禪宗叛逆者的成分，把它完全納入服從和服務於王權需要的軌道。
清代佛教的發展演變分為兩個階段：從世宗到高宗（公元1644—1795年）的一百五十年是第一階段，佛教沿着明末開闢的方向繼續發展演變。從仁宗（公元1796—1820年）開始，隨着清王朝的內憂外患進一步加劇，佛教自身也進一步衰落， 許多寺院逐漸成了流民的藏身之地。與此同時，佛教的許多法事，比如瑜伽焰口、水陸道場、慈悲水懺、梁皇懺、大悲懺、金剛懺，等等，在社會各階層十分盛行。
在佛教派系結構方面，禪宗仍然是主體。在清代活躍的派系中，有屬於臨濟天童系的漢月法藏、費隱通容、木陳道忞、破山海明四支；同屬臨濟盤山系的美髮淳、栖山岳兩支；屬於曹洞的雲門系和壽昌系兩支。清代禪宗在禪學思想上呈現出融合其它教派和經典思想的趨勢，進一步把教、淨、戒、懺等一切法門納入禪的範圍。這種消除個性特徵的融合，也改變着佛教的整體面貌和內在精神。
西方淨土信仰開始逐漸取代禪學，成為在社會各階層中最有影響力和號召力的佛教信仰和實踐。專弘淨土的宗師比以前任何時期都多，著名者有行策、省庵、徹悟、瑞安、悟開、古昆等。
在教門各派義學開始進入全面衰落的同時，弘揚戒律的如馨一系興盛起來，分出古林、寶華兩支。此系在組織規模的宏大、法系傳承的嚴整、社會影響的擴大等方面，有超越前代律宗的勢頭。
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